En el año 2001 se aprobó la ley 721, que crea la comisión. Después el Ministerio de la protección Social elaboró el decreto reglamentario de la comisión, con un trabajo interinstitucional. Este decreto, 1562 de 2002, define la composición de la Comisión y sus funciones.

En el siguiente año se hace la convocatoria pública para que los laboratorios que hacen pruebas de paternidad envien el nombre de un candidato a hacer parte de la comisión. También se invita a la Asociación de Sociedades científicas a que envíen una tema de cientificos para escoger uno que hará parte de la comisión. La primera reunión oficial se realizó en Diciembre de 2003, presidida por el Dr. Jorge Boshell y con la asistencia de los delegados de Procuraduria, Ministerio del Interior y Justicia, laboratorios públicos y los invitados del INS y de la SIC.

Los criterios para pertenecer a la comisión los establece el decreto 1562 y su periodo de duración es de dos años. La comisión definió su reglamento interno por medio de resolución 001 de 2004. Se definió que las reuniones ordinarias serían cada tres meses y que se harían reuniones extraordinarias en los casos necesarios a criterio de alguno de sus miembros.

En el año 2005 se aprobó el acuerdo por medio del cuál se adopta el manual sobre estandares básicos, elaborado por un grupo de expertos que coordinó el ICBF. En el año 2006 por medio del acuerdo 001, se aprueba un documento en el cuál se resumen las recomendaciones de la ISFG (Sociedad internacional de genética forense), las cuales son de alcance internacional.

En el año 2005, presidiendo la Comisión el Dr. Rafael Romero Piñeros, se hizo la primera convocatoria para reemplazar los miembros cuyo periodo de dos años se venció.

En este mismo año, la comisión, según resolución 001 de 2005, y habiendo hecho las consultas pertinentes, define que el laboratorio de genetica medica de la Universidad tecnológica de Pereira (UTP) será el laboratorio de referencia para la comisión. En acta de diciembre de 2005, el señor Rector de la UTP a través de la directora del laboratorio acepta esa designación. Durante el año 2006 el laboratorio de referencia coordinó el primer ejercicio ínter comparaciones, con la asesoría del grupo Español-Portugués de identificación humana, en el cuál participaron 10 laboratorios y en el año 2007 se realizó el segundo ejercicio.

Con la preocupación de cumplir con la función de Vigilancia que la ley 721 le asignó a la Comisión , a instancias del Dr. Luis Eduardo Mejía Mejía, presidente de la Comisión desde el año 2007 se hace una revisión profunda sobre el alcance de esta actividad, tarea que debe ser coherente con las acciones que en materia de auditorias de calidad le corresponden a la Superintendencia de Industria y Comercio a través del proceso de acreditación. Por otra parte se inicia también el análisis del procedimiento para estandarizar la convocatoria para los reemplazos de los miembros transitorios de la Comisión y para la designación del laboratorio de referencia.

Hasta el momento la comisión ha tenido 44 reuniones, ha aprobado dos acuerdos y tres resoluciones y ha respondido las inquietudes que le han sido enviadas. Para esto, la comisión desarrolló un procedimiento estándar y lo aprobo por acuedo 001 de 2006.