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Colombia es el país de Suramérica que más rápido reporta sus secuencias de genomas del SARS-CoV-2 a bases de datos internacionales

Lo dice la Revista Nature Biotechnology, que analizó el tiempo que toma a los países, de los cinco continentes, reportar sus resultados de secuenciación genómica a la base de datos internacionales de GISAID

Bogotá, 24 de agosto de 2021. La carrera en la que se ha convertido la cantidad de secuencias que un país genera y la velocidad con que las reporta a bases de datos internacionales,  ha develado diferencias significativas entre países y continentes. No todos cuentan con el mismo desarrollo tecnológico, ni la misma capacidad humana y técnica para el procesamiento y reporte de sus resultados de vigilancia genómica.

Sin embargo, el debate entre la velocidad con que se envían los reportes y la cantidad  de secuencias, se inclina por los análisis oportunos y de calidad que permitan a los países tomar las mejores desiciones para enfrentar el SARS-CoV-2 y sus variantes. De nada sirve la información, si no es posible tenerla para actuar anticipadamente.

Un análisis estadístico con 1.718.035 secuencias de SARS-CoV.2 que fueron enviadas o reportadas a GISAID al 27 de mayo de 2021, por países con más de mil genomas secuenciados, determinó el tiempo promedio que toma a los distintos países y continentes, el reporte de sus genomas.

Según concluye este informe, en Suramérica, Colombia es el país más veloz en reportar sus secuencias con un promedio de 40 días, mientras el promedio de su región es de 60 días. Después de Colombia, se ubican Brasil, Argentina, Chile y Perú. Países que también  hacen un esfuerzo importante en vigilancia genómica.

En el continente europeo, Reino Unido es el país con el mejor tiempo de reporte y lo hace en 16 días, una semana más rápido que el resto de los países europeos. En Norte América, USA reporta entre 25 y 26 días y Canadá reporta en 88 días. En los países de Oceanía, Nueva Zelanda, el tiempo de reporte es de 40 días, Australia reporta en 51 días y la India en un promedio de 57días. El gigante asiático, Japón, que es el país con más secuencias en Asia, reporta en un promedio de 79 días.

El análisis también presenta las tasas de secuenciación por millón de habitantes, en las que es evidente que los países con mejor capacidad y desarrollo aunque secuencian un gran tamaño de muestras, son superados por países con menor densidad poblacional. Es el caso de Islandia, Australia, Nueva Zelanda y Dinamarca que han secuenciado el 77%, 59%, 39% y 35% de sus muestras positivas, respectivamente, mientras que este número es 1,9%, 1,4% y 37% para Europa, América del Norte y Países de Oceanía. Otros como la India, el segundo país más grande en población y casos conocidos de COVID-19, ha secuenciado el 0,05% de las muestras recolectadas.

La situación es distinta en los países africanos, asiáticos y sudamericanos que han secuenciado un 0,36%. 0,21 y 0,07% de las muestras totales de COVID-19.

Si bien se trata de una carrera entre desiguales, como ha sucedido a lo largo de la pandemia en términos de capacidades, cabe señalar como lo expresa el informe de Nature, que algunos países han tenido que enfrentar dificultades como escasez de fondos, restricciones a la importación de reactivos y equipos, el uso de tecnologías de secuenciación más antiguas que son de menor rendimiento y más costosas de usar. Además de que en algunas ocasiones recién han configurado nuevas sociedades y alianzas para fortalecer la vigilancia genómica.

El caso de Colombia

Si bien la vigilancia genómica, es de origen reciente en nuestro continente (2014) se ha convertido en una herramienta fundamental que asociada a la vigilancia epidemiológica, en el caso de Colombia, permite una lectura anticipada y oportuna del comportamiento de las variantes del SARS-CoV-2 en el país.

Con la pandemia provocada por el virus que causa la COVID-19, la iniciativa global denominada GISAID, utilizada desde finales de 2019 para compartir las secuencias del virus de la influenza, comienza a ser utilizada en el 2020 por científicos e investigadores de todo el mundo para reportar las secuencias del SARS-CoV-2.

La plataforma de acceso abierto no solo contiene toda la información que se conoce a la fecha sobre el comportamiento de las variantes del virus SARS-CoV-2 en cada región continental, también es una herramienta que actualizada, es decir con reportes frecuentes y oportunos puede brindar información para el análisis y posterior toma de decisiones, por parte de los países y sus gobiernos para combatir la epidemia.

Colombia que ha mostrado un crecimiento progresivo en la entrega de resultados a GISAID y en el porcentaje de las muestras secuenciadas, eligió una estrategia de vigilancia genómica que prioriza la calidad en los análisis y el reporte oportuno de resultados, sobre volumen de secuencias.

Martha Ospina, directora del Instituto Nacional de Salud de Colombia, lo explica “La estrategia de vigilancia genómica de Colombia tiene dos componentes, uno basado en una búsqueda intensiva y estratégica de muestras particulares y la otra, basada en unos cortes transversales con un muestreo probabilístico, combinadas nos permiten tener la mayor capacidad de identificar linajes foráneos o linajes emergentes y tener también una foto de la circulación cuatro veces al año, que además nos da una proporción real de  cuánto pesa o cuál es la proporción de cada linaje en el país".

Aunque se suelen hacer comparaciones o generalizaciones en el mundo de la genómica basados en volúmenes, en este caso, explica la directora del INS “debimos tomar la decisión con recursos suficientes pero limitados y muy bien enfocados, de diseñar toda una estrategia de que respondiera a las necesidades del país, pero que a su vez nos garantizara una búsqueda muy eficiente".

La vigilancia genómica inicia desde el momento de la selección de las muestras en los distintos grupos poblaciones caracterizados y en donde existen mayores probabilidades de encontrar los linajes de preocupación o de interés, o los que tradicionalmente circulan en el país.  A este proceso, le sigue la verificación de calidad técnica porque no todas las muestras elegidas son aptas para ser secuenciadas, esa secuenciación toma al menos 10 días y va hasta el análisis final de los resultados y su codificación

“Se trata de hacer una búsqueda muy eficiente desde el punto de vista técnico, inclusive es en la etapa del análisis de las secuencias genómicas en donde tenemos esa pequeña gran oportunidad de lograr resultados excepcionales, que le permitan al país contar con información valiosa para la toma de decisiones", agrega la directora del INS.

Catalina López, científica colombiana, directora ejecutiva de la Red Canadiense de Genómica del COVID19 y directora científica de Genoma Canadá, señala que“los avances en genómica han permitido que la mayoría de países del mundo puedan analizar el genoma del SarsCoV2 en un gran número de pacientes y enviar esta información a bases de datos internacionales. La estrategia de vigilancia genómica en Colombia, aun con recursos muy limitados, es muy eficiente debido a una estrategia clara de muestreo y una gran velocidad en el envío de la información a las bases de datos internacionales. La clave para poder usar la información genómica de forma eficaz es la cantidad de datos y la veolcidad con que estos se compartan a nivel internacional. Como lo demuestra el articulo de Nature, Colombia se destaca claramente por la velocidad en sus reportes, un paso crítico para demostrar la utilidad de la vigilancia genómica en América Latiina y en el mundo".(TESTIMONIO XXXX)

Si bien al analizar las tasas de  secuenciación y la velocidad de reporte existen diferencias considerables en los cinco continentes, concluye el informe de Nature  es muy importante que a las altas tasas de secuenciación, se imponga también la oportunidad en los reportes.  Es la velocidad  y calidad de los análisis lo que permitirá a los investigadores de todo el mundo rastrear las  variantes evolucionadas y sus mutaciones, la epidemiología y las consecuencias biológicas, lo que proporciona información crucial para políticas de salud pública y toma de medidas más efectivas que permitan entender y controlar la pandemia de una forma más eficaz, basadas en datos científicos.

GISAID es hoy el portal de acceso abierto más grande, no solo alberga secuencias del genoma, también los datos epidemiológicos y clínicos de más de 1,7 millones de secuencias de SARS-CoV-2 y es gracias a GISAID que el mundo conoció tempranamente el comportamiento de variantes como Alfa (B.1.1.7),  identificada por primera vez en Reino Unido, la B.1.351, identificada por primera vez en Sudáfrica , la P.1 o Gamma identificada por primera vez en Brasil y la  B.1.617.2 o Delta, identificada por primera vez en la India, entre otras que han sido clasificadas por la Organización Mundial de la Salud como de preocupación o de interés.

“Es claro que el virus no respeta ni países, ni fronteras y aunque las secuencias del genoma de SARS-CoV-2 varían por países, las bases de datos internacional GISAID nos ha permitido tener una visión global del comportamiento del virus y de todas sus variantes", concluye Catalina López.

 

Cronología de la Vigilancia Genómica en el País

-       Marzo 6 de 2020. Una vez iniciada la pandemia, con la confirmación del primer caso, Colombia inicia la vigilancia genómica intensiva del SARS-CoV-2.

-       Marzo 27 de 2020.  Investigadores del Instituto Nacional, en asocio con el Instituto Humboldt, el UCCSM, el Imperial College, el MCR Outbreak y LSHTM obtuvieron la primera secuencia del genoma de SARS-CoV2 que circula en Colombia.

-       Diciembre 31 de 2020. El INS fortalece la vigilancia genómica y conforma una Red de Vigilancia Genómica con 19 laboratorios que cumplían los criterios técnicos para realizar la secuenciación de las muestras.

-       Enero 4 de 2021. INS reporte de la variante Gamma, detectada en ciudadana brasileña atendida en los servicios de salud de Colombia.

-       Enero 11 de 2021. INS reporta el linaje B.1 que se denominaría posteriormente B.1.621 y en el que se observan mutaciones de interés que preocupan a los investigadores colombianos.

-       Febrero 2 de 2021. El Instituto Nacional de Salud (INS) de Colombia confirmó la circulación de la variante británica (B.1.1.7) de la COVID-19 en el país, en el departamento de Caldas.

-       Febrero 22 de 2021. El INS publica sitio WEB con datos abiertos para consulta de variantes/linajes, documentos , informes e infografías: www.ins.gov.co/Noticias/Pagina…

-       Abril de 2021. El Instituto Nacional de Salud solicita a los administradores de la Plataforma Pangolín, la codificación y asignación de un nombre para las secuencias en las que se observaban las mutaciones de interés del linaje B.1 y que hoy se conoce como la variante B.1.621. y de la cual no existe hasta el momento un origen indeterminado, debido a que serán necesarios más estudios evolutivos para confirmar su “nacionalidad" u “origen".

-       Abril 15 de 2021. Inicia el primer muestreo probabilístico de las variantes del SARS-CoV-2.

-       Abril 25 de 2021. Análisis permiten identificar mayor proporción en el país de las variantes B.1.621 y Gamma.

-       Julio 21 de 2021. El INS publica los resultados de los estudios genómicos en el país en donde se confirma la circulación en el territorio nacional de las variantes Gamma, Alfa, Iota y Épsilon.

-       Julio 24 de 2021. Se confirma la presencia de la variante Delta en el país.

-       Agosto 6 de 2021. Finaliza el primer estudio probabilístico de las variantes en el país. El estudio confirma la proporción de las variantes en Colombia, siendo la B.1.621 la variante predominante y responsable de más de la mitad de los contagios con un impacto en el tercer pico de la epidemia.

-       Agosto 14 de 2021. INS publica la caracterización y filogenia completa de la variante B.1.621 en la Revista Infection, Genetics and Evolution.

Agosto 21 de 2021. INS publica su más reciente reporte de vigilancia genómica del SARS-CoV-2 y confirma la circulación de 61 linajes, 2.678 secuencias.​