En el país circulan 180 linajes y se han reportado más de 15000 genomas
a las bases de datos mundiales.
Bogotá, abril 5 de 2022. La Organización Panamericana de Salud designó el Laboratorio Nacional de Genómica del INS como centro colaborador y de referencia en la región de las Américas, es decir que el Instituto será sitio de entrenamiento de biólogos de la región y además podría eventualmente recepcionar muestras para análisis de estudios especiales que esté realizando OPS/OMS en este continente. El anuncio lo hizo, la representante para la OPS/OMS en Colombia, Gina Tambini.
“Colombia tiene la red genómica más sólida en las Américas. Hoy con la inauguración del Laboratorio Nacional de Genómica del Instituto Nacional de Salud estamos también designando este laboratorio como centro de referencia para las Américas", expresó Gina Tambini.
Por su parte, el Ministro de Salud, Fernando Ruiz Gómez, expresó: “Tenemos 21 laboratorios robustecidos de genómica gracias a trabajo colaborativo con universidades, centros investigación y laboratorios públicos y privados. Un esfuerzo importante en una sociedad en donde nos es difícil trabajar en equipo, superando individualismo".
Además agregó: “La pandemia nos despertó. Nos hizo ser conscientes de la importancia de la soberanía y la seguridad sanitaria para un país que se consigue con inversión en ciencia y tecnología".
El Ministro de Ciencia, Tito José Crissien Borrero, se refirió al compromiso de este gobierno con la inversión en ciencia y tecnología. “La inversión en ciencia y tecnología es fundamental para guiar la toma de decisiones en salud pública".
Durante la inauguración, Martha Ospina, directora general del INS, reseñó el camino elegido por Colombia para implementar una estrategia de vigilancia genómica. La secuenciación genómica, como muchas otras capacidades tecnológicas en la pandemia, develó las grandes diferencias entre países y continentes.
“No todos tenían la misma capacidad, ni la cantidad de recursos para invertir. Aunque al principio, la presión se centró en la cantidad o los volúmenes de secuencias que cada país reportaba a las bases mundiales de genómica. Colombia con recursos limitados priorizó una estrategia basada en la calidad de la información y el análisis oportuno de resultados"
El país entendió a tiempo que más no es mejor. Que realizar volúmenes y volúmenes de secuencias para terminar detectando los mismos tres linajes no servía de mucho, si no se definía y tenía una estrategia bien pensada de vigilancia genómica, basada en hechos y datos.
Colombia se inclinó por una vigilancia mixta con dos componentes, una rutinaria y basada en la búsqueda intensiva de muestras, aplicando unos criterios previamente definidos; y la otra, basada en unos cortes transversales con un muestreo probabilístico. Combinadas permitieron al país contar con una mayor capacidad de identificar, a la fecha, más de 180 linajes en el territorio, con sus diferentes participaciones y mutaciones en las regiones.
La directora del INS agradeció a las distintas entidades del gobierno nacional, el Ministerio de Salud, la Agencia Presidencial de Cooperación Internacional – APC, el Ministerio de Ciencia, la Unidad Nacional para la Gestión del Riesgo de Desastres -UNGRD; y entidades beneficiarias, como el Club Rotary Internacional, el Banco Centroamericano de Integración Económica (BCIE), la empresa privada ANNAR, con sus distintas donaciones y aportes, entre otras. En total, el INS gestionó de diversas fuentes más de 30 mil millones, para inversión en reactivos, equipos y tecnologías de secuenciación de mayor rendimiento, entre otros insumos.
“No cabe duda que la pandemia presionó fuertemente para que el país lograra ponerse al día en veinte años de atraso tecnológico. Colombia tiene una capacidad genómica que no se hubiese soñado hace dos años. Nos hubiéramos tardado, y lo dicen los expertos, veinte años en tenerla. Hoy la capacidad genómica del país es uno de los grandes beneficios que deja la pandemia.", concluyó Martha Ospina.
Esa posibilidad de secuenciación genómica adquirida no solo es útil en SARS-CoV-2, sino en muchos otros microorganismos. Con el Laboratorio Nacional de Genómica y la red de laboratorios, el país va a modernizar la vigilancia como la conocemos hoy día y podrá hacer numerosos acompañamientos a la vigilancia en salud pública y numerosos aportes, desde el punto de vista de investigación.
Resumen del origen y fortalecimiento de la vigilancia genómica en el país.
La vigilancia genómica de microorganismos emergentes en el INS comienza en 2016, como estrategia de respuesta a la circulación simultánea en Colombia de varios virus, entre ellos los transmitidos por mosquitos (Arbovirus). Estos virus representaban y representan un factor de riesgo y una amenaza para la salud pública en la región, a lo que se sumaba la presencia de otros virus emergentes, como el Mayaro y el Oropuche, cuyo impacto todavía no ha sido estimado. Gracias a esa primera fase de la vigilancia genómica de arbovirus, el país identificó los genotipos del dengue, chikungunya y Zika, así como la diversificación regional de linajes de estos virus en el país.
Luego, se inicia la preparación para la secuenciación del genoma completo de SARS-CoV-2 en Colombia que comienza el 23 de enero de 2020, cuando el Instituto Nacional de Salud inició una cooperación con entidades nacionales e internacionales para unir capacidades científicas y tecnológicas que resultaron en la definición de metodologías, la adquisición de equipos e insumos y por supuesto el fortalecimiento del personal científico de la Unidad de Secuenciación y Genómica del INS; todo esto, como preparación a la eventual llegada del SARS-CoV-2 al país.
Es así como luego de la confirmación del primer caso covid19, el 6 de marzo de 2020, Colombia logra reportar a las bases mundiales (GISAID, GenBank), 21 días después, las primeras secuencias del genoma completo de pacientes colombianos infectados con el SARS-CoV-2.
Contar con la capacidad de hacer secuenciación genómica en diferentes regiones del país, se convirtió en una necesidad para la respuesta a la pandemia. Se da inicio al Programa Nacional de caracterización Genómica, en el que participan 21 entidades en Colombia que incluyen laboratorios de salud pública, universidades y centros de investigación y el Laboratorio Nacional de Genómica del INS, que acaba de convertirse en centro de referencia regional.
Posteriormente, se establece la vigilancia rutinaria de las variantes de interés y de preocupación del virus SARS-CoV-2 mediante estudios genómicos; y se monitorea la efectividad de los diferentes tipos de vacunas, mediante la evaluación de la respuesta vacunal en diferentes cohortes poblacionales en Colombia, como los trabajadores de salud.
En agosto de 2021 el linaje B.1.621 identificado por el equipo de investigadores del INS fue clasificado como variante de interés o VOI por la OMS y se le asignó la letra griega Mu como identificación de la variante. Este linaje se detectó en Colombia desde enero y circuló en 58 países del mundo con mayor presencia en Colombia, República Dominicana y Ecuador. La vigilancia genómica en Colombia que lidera el INS permitió no solo su identificación sino también determinar que la variante Mu fue la más frecuente durante el tercer pico epidémico en Colombia. Esta clasificación es un hito importante que demuestra el gran nivel científico de la vigilancia genómica en Colombia.
El año 2021 se consolida como el año de la vigilancia genómica y el país emprende esa carrera a toda velocidad para identificar en lapsos muy cortos de tiempo la circulación de las numerosas variantes del SARS-CoV-2, su porcentaje de participación y su capacidad de determinar o modificar las dinámicas de propagación del virus. De esta forma, luego de numerosas publicaciones científicas, el INS consolida su Laboratorio de Vigilancia Genómica y su programa nacional de caracterización que le han ganado la confianza y credibilidad para convertirse en centro de referencia regional de la OPS/OMS.